La Historia de ésta compañía comienza a principios de la década de 1890 en Carolina del Norte por Caleb Bradham, un farmacéutico de New Bern y se ofrecía a los clientes como medicina contra la dispepsia, comenzó con el nombre de "Brad's Drink". En 1898 la bebida cambió su nombre a Pepsi-Cola, en 1902, Caleb Bradham solicitó el registro de la marca y fundó la Empresa con 97 acciones de capital y se registró como marca comercial el 16 de junio de 1903. Bradham comprendió desde un principio que los aspectos del marketing serían la base del éxito y así, durante su primer año gastó $1,900.00 dólares en publicidad (suma muy grande si se toma en cuenta que apenas había vendido 8.000 galones de concentrado).
En 1905 el mismo Caleb Bradham construyó su primera Planta Embotelladora. Para 1907 ya habían 3 Plantas más con una venta anual de 100.000 galones de concentrado (en dos años vendió doce veces más concentrado). Tanto por la Primera Guerra Mundial, como por la Depresión de 1929 la vida de la Pepsi estuvo a punto de extinguirse, y Caleb tuvo que volver a su ocupación anterior: boticario.
En 1931 Charles Guth, en ese entonces Presidente de la Compañía de dulces LOFT compró la marca registrada.
Después de varios experimentos y de transcurridos cinco años, se le ocurrió embotellar Pepsi en botellas usadas de cerveza de 12 onzas, pero como contenía el doble del común de los refrescos de cola, tenía que cobrar el doble, es decir, diez centavos de dólar, y en consecuencia el consumidor se resistía a pagar ese precio, razón por la que Guth decidió vender el producto a cinco centavos de dólar, lo que daba a los consumidores excelentes razones para consumir el producto.
En 1936 la Pepsi lograba utilidades de alrededor de los 2 millones de dólares.
En 1938 fue nombrado Presidente de la Compañía Walter Mack, quien consideraba a la publicidad como la clave del negocio y transformó a la Pepsi en una moderna Compañía comercializadora.
En 1940, hizo historia cuando se transmitió a nivel nacional el primer "Jingle" de publicidad. Su título, "Nickel Nickel", hacía referencia a su precio (5 centavos de dólar). "Nickel Nickel" fue todo un acontecimiento, traducido hasta en 55 idiomas distintos.
Con la llegada de la Segunda Guerra Mundial, el Gobierno de los Estados Unidos se vio en la necesidad de racionar el azúcar y esto perjudicó seriamente las ventas de Pepsi. Por otro lado, el Lema "el doble por los mismos cinco centavos" dejó de ser efectivo para finales de la Segunda Guerra Mundial, y las ventas andaban por los suelos.
En 1949 llegó a la Presidencia de Pepsi Al Steele dirigente notable y capaz. Cambió todo: introdujo una botella elegante, creó un departamento de marketing, presentó a la Pepsi como una bebida refrescante, ligera, baja en calorías, y logró algo más importante: que los embotelladores echaran mano de sus ahorros e hipotecaran sus casas para invertir en el negocio, de lo que resultó que en 1959 hubiera más de 200 embotelladores.
Pepsi comenzó a ser un desafío real para la Coca Cola.
En 1963 llega a la Presidencia de Pepsi Donald M. Kendall y con él la agencia publicitaria BBDO (iniciales de los apellidos Batten, Baston, Durstime y Osborn) quien hasta la fecha sigue siendo la responsable creativa de la imagen de Pepsi. Entre los años de 1963 (cuando Kendall tomó la compañía) y 1986 (cuando se jubiló) dejó una corporación que ocupa el lugar 41 entre las 500 empresas más importantes en los Estados Unidos.
En 1965 se crea Pepsi Co., fruto de la fusión de Pesi-Cola y Frito Lays.
Para crear un clima que atrajera a gente con talento y espíritu empresarial, se trasladó la sede que estaba en Nueva York, a la población rural de Purchase (sede actual de La Corporación Pepsi Co.) en el condado de Westhester.
En 1984, el popular cantante Michael Jackson firmó un contrato publicitario multimillonario con Pepsi, con reciprocidad para el anuncio del Victory Tour patrocinado por Pepsi. Se grabaron dos escenas publicitarias con Jackson bailando junto a un grupo de niños de barrio, en un concierto.
En 1986 cuando le entregó el mando a Wayne Calloway, la Corporación Pepsi Co., a la cual pertenecían ya Frito Lay y los Restaurantes Pizza Hut y Taco Bell vendían cerca de $9.000 millones de dólares al año.
Pepsi Co. se encuentra actualmente entre las más exitosas Compañías de productos de consumo del mundo con ingresos anuales de más de 30,000 millones de dólares y más de 480.000 empleados.